Menezes da Silva war zunächst von 1990 bis 1996 als Pfarrer der PfarreiSão João Batista in Vila América und als Subregens des propädeutischen Priesterseminars Santa Terezinha de Lisieux tätig. Zudem fungierte er von 1992 bis 1996 als Dechant des DekanatsRio Vermelho e Federação und von 1995 bis 1996 als stellvertretender Diözesanökonom des Erzbistums São Salvador da Bahia. Außerdem war er von 1988 bis 1996 Professor am Sozialinstitut von Bahia.[2] Anschließend kehrte er zur Fortsetzung seiner Studien nach Rom zurück, wo er 1999 an der Päpstlichen Lateranuniversität ein Lizenziat im Fach Theologische Anthropologie erwarb[2] und 2001 bei Gilfredo Marengo[1] mit der Arbeit „A criatividade da liberdade“: análise e interpretação da obra de Juan Luis Segundo („‚Die Kreativität der Freiheit‘: Analyse und Interpretation des Werks von Juan Luis Segundo“) zum Doktor der Theologiepromoviert wurde.[3] Nach der Rückkehr in seine Heimat im Jahr 2002 wurde Menezes da Silva Regens des propädeutischen Priesterseminars Santa Terezinha de Lisieux und Koordinator der erzbischöflichen theologischen Kommission. Neben seiner Tätigkeit in der Pfarrseelsorge und in der Priesterausbildung lehrte er ab 1989 Theologie an der Universidade Católica do Salvador und ab 2002 auch am Päpstlichen Institut Johannes Paul II. für Studien zu Ehe und Familie.[2]
Am 9. Oktober 2019 ernannte ihn Papst Franziskus zum Erzbischof von Vitória da Conquista.[6] Die Amtseinführung erfolgte am 14. Dezember desselben Jahres.
Am 13. März 2024 ernannte ihn Papst Franziskus zum Erzbischof von Aracaju.[7] Die Amtseinführung fand am 25. Mai desselben Jahres statt.
Schriften
„A criatividade da liberdade“: análise e interpretação da obra de Juan Luis Segundo. Pontificia Università Lateranense, Rom 2002, OCLC313988898.
Igreja e missão: Feições da realidade e a pastoral. In: Josafá Menezes da Silva, Genival Bartolomeu Fernandes Machado (Hrsg.): Cidade, igreja e missão: „lançai as redes“ (Lc 5,5). Paulinas, São Paulo 2003, ISBN 978-85-356-1123-6, S.175–200.
Amor humano: teologia e contemporaneidade. In: Christine Jacquet, Lívia Fialho Costa (Hrsg.): Família em Mudança. Editora Companhia Ilimitada, São Paulo 2004, ISBN 978-85-88607-08-8, S.337–358.