In seiner Jugend trat Saenz d’Aguirre in die Benediktinerabtei San Vincente in Salamanca ein. Später wurde er Abt dieses Klosters und Präses der benediktinischen Kongregation von Valladolid. Seit 1668 war er in Salamanca Professor für spekulative Theologie, später für Bibelkunde. Zudem berief man ihn zum Sekretär und Zensor der spanischen Inquisition. Im Konsistorium vom 2. September 1686 erhob Papst Innozenz XI. Saenz zum Kardinalat und ernannte ihn zum Kardinalpriester, auch weil er die Superiorität des Papstes gegenüber den Konzilien (gegen den Gallikanismus) in seinem Werk Defensio cathedrae Sancti Petri adversus declarationes cleri Gallici anni 1682 verteidigte. Am 10. November 1687 verlieh der Papst ihm den Kardinalshut und die TitelkircheSanta Balbina. Zudem berief ihn der Papst in die Konzilskongregation, die Indexkongregation und die Kongregation der Römischen und Universalen Inquisition. An der Verurteilung des geistlichen Schriftstellers Miguel de Molinos nahm er regen Anteil. Im Streitfall um die Schriften der spanischen Äbtissin María von Ágreda trat Kardinal Saenz für ihre Verteidigung ein.
Defensio cathedrae Sancti Petri adversus declarationes cleri Gallici anni 1682. Salamanca 1683.
Collectio maxima conciliorum omnium Hispaniae et novi orbis cum notis et dissertationibus. Rom 1693. 4 Bände, neue Ausgabe von Catalani. Rom. 1753. 6 Bände, Folio. (Darin sind viele auch für die Geschichte Spaniens wichtige Dokumente enthalten).
Theologia S. Anselmi. 3 Bände, (unvollendet, das Erscheinen des 4. Bandes wurde durch Aguirres Tod 1699 verhindert).
