John Thompson, Sohn des Ladenbesitzers John Thompson und dessen Ehefrau Sarah Dyckman, absolvierte 1842 die University of Virginia als Chemiker und 1845 als Jurist. Obwohl durch die Schule von William Barton Rogers und James Joseph Sylvester gegangen, war er danach nicht als Naturwissenschaftler tätig. Auch die juristische Laufbahn ließ er links liegen und gab 1847 bis 1859 den Southern Literary Messenger heraus. Sein Vater hatte ihm diese Zeitung gekauft, die zuvor von Edgar Allan Poe herausgegeben worden war. 1859 wechselte John Thompson von Richmond nach Augusta (Georgia) in die Redaktion der Southern Field and Fireside, einer Zeitung für Landwirtschaft und Literatur.[1] Der Literat John Thompson arbeitete eng mit Edgar Allan Poe, William Gilmore Simms (1806–1870), Henry Timrod, Paul Hamilton Hayne, John P. Kennedy, John Esten Cooke (1830–1886) und Philip Pendleton Cooke (1816–1850) zusammen.
Zu Beginn des Sezessionskrieges war Thompson stellvertretender Sekretär des Commonwealth of Virginia, gab die Zeitungen The Richmond Record sowie The Southern Illustrated News heraus und schrieb Artikel für Henry HotzesThe Index – das Organ der Konföderierten in England. Aus gesundheitlichen Gründen nahm Thompson am Krieg nicht teil. Stattdessen leistete er seinen Beitrag auf literarischem Felde – schrieb von London aus in englischen Magazinen Artikel für die Konföderierten und kommunizierte dort mit Henry Hotze. In England befreundete er sich Thackery, Robert Browning, Tennyson und dem Journalisten Francis Charles Lawley (1825–1901).
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