John Patterson trat in die United States Air Force ein, nachdem er einige Semester am Williams College studiert hatte. Er machte an der University at Buffalo einen Abschluss und einen Master an der Stanford University im Jahre 1970. Er war in einer Klasse mit dem Erfinder der SopranosDavid Chase. Seit Ende der 1970er Jahre war er als Fernsehregisseur tätig, mit dem Schwerpunkt auf Serien. Von 1988 bis 1995 inszenierte er hauptsächlich Filme.
Er drehte von 1999 bis 2004 dreizehn der Episoden der Fernsehserie Die Sopranos und wurde 2002 und 2003 für den Emmy nominiert. Er gewann den Directors Guild of America 2002. Er war mit Casey Kelley verheiratet, ließ sich aber später scheiden. Sie hatten zusammen zwei Kinder. Patterson starb in Los Angeles an Prostata-Krebs im Alter von 64 Jahren.
Die Episode Nr. 77 der Sopranos wurde ihm gewidmet.
