Sie wuchs in Freiburg auf, wo sie nach dem Abitur als Regieassistentin am Wallgraben-Theater arbeitete. Anschließend war sie als Drehbuchautorin und Produktionsleiterin für die Produktionsfirma der Fernsehserie Bernd das Brot tätig. Im Jahr 2002 nahm Johanna Stuttmann ein Studium im Fach Film und Medien mit Schwerpunkt Drehbuch an der Filmakademie Baden-Württemberg auf, das sie 2007 mit dem Film Nacht vor Augen abschloss. Für das Drehbuch, das die Geschichte eines traumatisiert aus Afghanistan zurückgekehrten Bundeswehrsoldaten erzählt, wurde sie mit mehreren Preisen ausgezeichnet. Neben ihrer Arbeit als Autorin und Dramaturgin ist sie seit 2009 Gastdozentin an der Filmakademie Baden-Württemberg.
