Johann Schäffer oder Johann Schaeffer ist der Name folgender Personen:
- Johann Schäffer (Architekt) (1861–nach 1895), deutscher Architekt
- Johann Schäffer (Tiermediziner) (* 1952), deutscher Veterinärmediziner, Tiermedizinhistoriker und Hochschullehrer
- Johann Balthasar Schäffer (1684–1750), deutscher Augustinermönch und Tanzlehrer
- Johann Christoph Schäffer (1677–1728), deutscher Pfarrer
- Johann Friedrich Schäffer (auch Schäfer, Scheffer; nach 1685–nach 1748), deutscher Orgelbauer
- Johann Georg von Schäffer-Bernstein (1757–1838), deutscher Generalleutnant
- Johann Gottlieb Schaeffer (1720–1795), deutscher Arzt und Naturforscher
- Johann Jakob Schäffer (1751–1819), deutscher Geistlicher
- Johann Nepomuk Schäffer (1751–1796), deutscher Geistlicher, Theologe und Hochschullehrer, siehe Johann Nepomuk Schäfer
- Johann Norbert Schäffer (1813–nach 1868), deutscher Klavierbauer
- Johann Ulrich Gottlieb von Schäffer (1753–1829), deutscher Arzt
Siehe auch:
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