Nach einer langen Studienreise durch Europa ließ sich Ackner 1808 als Gymnasiallehrer für Philologie und Archäologie in Hermannstadt nieder. 1821 wurde Ackner zum Pfarrer in Hammersdorf gewählt. Dort fand er genügend Zeit, sich seinen Studien zu widmen. Im Zuge seiner ausgedehnten Reisen wendete sich Ackner ab 1829/30 immer mehr der Mineralogie und Geologie und dann vor allem der Archäologie zu. 1851 wurde er zum Mitglied der Leopoldina gewählt.
Noch 1860, im Alter von 78 Jahren, war es Ackner möglich, zu wissenschaftlichen Zwecken über Triest und Venedig nach Wien zu reisen.
Verheiratet war Ackner ab 1810 – also 52 Jahre – mit Maria Magdalena Ebner und hatte mit ihr zusammen zwölf Kinder.
Schriften
Antiqua musei Parisiorum monumenta. Hermannstadt 1809.
mit Johann Karl Schuller: Der Hermannstädter Stuhl im Großfürstenthum Siebenbürgen (Land der Sachsen.). H. F. Müller, Wien 1840 (Digitalisat).
Mineralogie Siebenbürgens mit geognostischen Andeutungen. Steinhaussen, Hermannstadt 1847 (Digitalisate: T. 1; T. 2); Neuauflage 1855 (Digitalisat).
Beitrag zur Geognosie und Petrefaktenkunde des südöstlichen Siebenbürgens, vorzüglich der Schichten aus dem Bereich des Hermannstaedter Bassins: Bei der Akademie eingegangen den 12. November 1851. In: Nova acta Academiae Caesareae Leopoldino-Carolinae Germanicae Naturae Curiosorum. Bd. 24 (1854), 2. Abt., Nr. 8, S. 897–936.
Die Colonien und militärischen Standlager der Römer in Dacien im heutigen Siebenbürgen. Hof- und Staatsdruckerei, Wien 1857.
Volker Wollmann: Johann Michael Ackner (1782–1862). Leben und Werk. Dacia, Cluj 1982.
Richard Ackner: Zehn Generationen Ackner: Familienpapiere und Ergebnisse genealogischer Forschung über Vorfahren in Siebenbürgen. Ergänzte Fassung. Familiendruck und für Siebenbürgische Bibliotheken, Neubrandenburg 2001
