1832 gründete Achterfeld zusammen mit Johann Braun die Zeitschrift für Philosophie und katholische Theologie und veröffentlichte zwischen 1834 und 1836 Georg Hermes’ Vorlesungen als Christkatholische Dogmatik. Als Papst Gregor XVI. diese 1835 verbieten ließ, erkannte Achterfeld die Verurteilung des hermesianischen Lehrsystems nicht an, so dass ihm die Leitung des Konvikts entzogen und mehrfach untersagt wurde Vorlesungen zu halten. 1843 wurde Achterfelds Professur zur Disposition gestellt. Erst nach einer Unterwerfungserklärung wurde er 1862 von Seiten der Regierung und 1873 auch durch die Kirche rehabilitiert.
