Völlig unerwartet erhielt er eine Einladung zu einer Gastpredigt an die Marktkirche Unser Lieben Frauen nach Halle. Im Juni 1692 wurde Franck Adjunkt an der halleschen Marktkirche, ein Amt, das er 17 Jahre ausübte. 1709 wurde er Diakon und 1716 Archidiakon. 1722 berief man Franck zum Inspektor des Stadtministeriums und des Saalkreises sowie zum Scholarch am lutherischen Stadtgymnasium in Halle. Am 30. Oktober 1722, nach dem Tod von Johann Michael Heineccius, wurde er zum Oberpfarrer an der Marktkirche Unser Lieben Frauen in Halle ernannt. Wenige Tage später, am 7. November 1722, verlieh ihm König Friedrich Wilhelm I. von Preußen den Charakter eines Konsistorialrates. Im Juli 1742 feierte er sein 50-jähriges Lehrerjubiläum. Bei einem Treppensturz im gleichen Jahr verletzte er sich schwer, konnte aber bald wieder sein Pfarramt ausüben.
Johann Georg Franck starb am 29. Januar 1747, im Alter von 78 Jahren, in Halle. Noch wenige Tage zuvor hatte er seine letzte Predigt gehalten. Franck war seit 1692 mit Klara Elisabeth, der Tochter des sächsischen Kammermeisters und Pfänners aus Halle Otto Heinrich Mylius verheiratet. Das Paar hatte sieben Kinder, fünf Söhne und zwei Töchter. Die älteste Tochter Christine Elisabeth heiratete den Juristen Johann Friedemann Schneider, ihre jüngere Schwester Johanna Elisabeth den Philosophen Johann Friedrich Stiebritz.
Franck hinterließ zahlreiche Schriften, neben seinen universitären Werken vor allen Predigten und Leichenpredigten.
Verein der Pfarrerinnen und Pfarrer der Kirchenprovinz Sachsen (Hrsg.): Pfarrerbuch der Kirchenprovinz Sachsen. Band 3, Evangelische Verlagsanstalt, Leipzig 2005, Seite 97, ISBN 978-3-374-02135-2.
