Seine Forschung richtet sich auf die großen Übergänge, die Wirtschaft und Gesellschaft tief verändern. Die erste sogenannte „Deep Transition“ begann 1750 und mündete in den Wohlfahrtsstaat. Die zweite Deep Transition begann in den 1970er Jahren und veränderte den Kapitalismus. Nach den Lehren von Christopher Freeman und Carlota Perez liegt das Ziel in der Entwicklung einer „Multi-Level-Perspective“ der Nachhaltigkeit.
Schot profitierte von der internationalen Zusammenarbeit wie im Greening of Industry Network und im Knowledge Network for System Innovations and Transitions. Unter seiner und Philip Scrantons (Rutgers University) Herausgeberschaft entstand Making Europe: Wer baute Europa? Die Reihe erhielt 2014 den Freeman Award durch die European Association for the Study of Science and Technology.[3]
Schriften
mit Vincent Lagendijk: Technocratic Internationalism in the Interwar Years: Building Europe on motorways and electricity networks, in: Journal of Modern European History, 6:2 (2008), 196–217.
mit Thomas J. Misa: Inventing Europe: Technology and the Hidden Integration of Europe, in: History and Technology, 21:1 (2005) 1–20.
J.W. Schot, H. W. Lintsen, A. Rip and A. A. Albert de la Bruhèze (Hg.): Techniek in Nederland in de twintigste eeuw, 7 Teile, Zutphen: Walburg Pers, 1998–2003.
Herausgeber
mit Philip Scranton: Making Europe: Technology and Transformation 1850-2000, 6 Bände, Palgrave Macmillan 2013–2019
Johan Schot / Wolfram Kaiser: Writing the Rules for Europe: Experts, Cartels, and International Organizations, Palgrave Macmillan 2014, ISBN 978-0-230-30807-7.
