Danach war er von 1992 bis 2005 Vorsitzender der Scottish Liberal Democrats. Bei den Wahlen am 6. Mai 1999 zum neueingerichteten Schottischen Parlament (Pàrlamaid na h-Alba) war er Spitzenkandidat der Scottish Liberal Democrats und erreichte mit diesen 17 der 129 Parlamentssitze. Er selbst wurde dabei zum Abgeordneten für den Wahlkreis Orkney gewählt.
Nach dem Tode Dewars war er vom 11. bis zum 27. Oktober 2000 amtierender Erster Minister von Schottland. Dieses Amt übernahm er erneut vom 8. bis zum 22. November 2001 nach dem Rücktritt von McLeish nach der Officegate-Affäre.
Nach seinem Ausscheiden aus dem House of Commons wurde er 2007 zum Life Peer mit dem Titel Baron Wallace of Tankerness, of Tankerness in Orkney, geadelt, und ist dadurch seither Mitglied des House of Lords.