Seit 1992 schrieb Kaube regelmäßig für das Feuilleton der Frankfurter Allgemeinen Zeitung. 1999 trat er zunächst in die Berliner Redaktion ein und wechselte 2000 nach Frankfurt am Main, wo er schwerpunktmäßig über Wissenschafts- und Bildungspolitik recherchierte und schrieb. Ab 2008 leitete er das Ressort „Geisteswissenschaften“. In der Frankfurter Allgemeinen Sonntagszeitung verantwortete er die wissenschaftsjournalistische Kolumne „Erkenntnis und Interesse“, heute umbenannt in „Soziale Systeme“. Im Januar 2012 wurde Kaube einer der Stellvertreter des damaligen FAZ-Kulturchefs Nils Minkmar. Am 9. Dezember 2014 berief ihn der Aufsichtsrat der FAZ zum 1. Januar 2015 in den Herausgeberkreis der Zeitung, als Nachfolger des im Juni 2014 verstorbenen Frank Schirrmacher. Er ist wie dieser für das Feuilleton zuständig.[5]
2015 erhielt Jürgen Kaube den Ludwig-Börne-Preis.[14] Der Laudator, der Historiker Dan Diner, würdigte Kaubes Befähigung, „die wissenschaftliche Kultur von Geist und Sache in luzider Klarheit und begriffsnaher Zuspitzung in den öffentlichen Raum zu tragen“. Jürgen Kaube stehe mit oft scharfen Urteilen wie Ludwig Börne in der Tradition der Aufklärung.[15] Zusammen mit dem BüchnerpreisträgerRainald Goetz wurde Jürgen Kaube – jener für seine Dankrede zum Preis, dieser für seine Lobrede auf den Preisträger[16] – vom Tübinger Seminar für Allgemeine Rhetorik mit der Auszeichnung „Rede des Jahres 2015“ geehrt.[17]
(Hrsg.): Die Illusion der Exzellenz. Lebenslügen der Wissenschaftspolitik (= Wagenbachs Taschenbücherei. 604). Wagenbach, Berlin 2009, ISBN 978-3-8031-2604-7.
↑Joachim Güntner: Schirrmachers Erbe. Jürgen Kaube neuer „FAZ“-Herausgeber. In: Neue Zürcher Zeitung vom 11. Dezember 2014, internationale Ausgabe, S. 46.