Ignacio Noguer Carmona empfing nach seiner theologischen Ausbildung am 17. Juni 1956 die Priesterweihe. 1961 wurde er Rektor des neuen Priesterseminars von Pilas. 1966 wurde er Rektor des Großen Seminars von Sevilla. 1971 erfolgte die Ernennung zum Bischofsvikar.
Er war Präsident der bischöflichen Kommission für Migration und Mitglied der Ständigen Kommission der spanischen Bischofskonferenz sowie Delegierter der Südbischöfe in Angelegenheiten der Priesterseminare der Kirchenprovinzen Granada und Sevilla. Er gehörte in zwei verschiedenen Perioden der bischöflichen Kommission für Bildung und Hochschulen an.