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Er ist vor allem für einen 2001 in der Zeitschrift Nature erschienenen, kontrovers diskutierten Artikel[1] über den Übergang von Mais-Transgenen in wilde Maispopulationen bekannt. In der Folge zeigte sich Chapela als ausgesprochener Kritiker der Kooperation zwischen der University of California und der Biotechnologie-Industrie.
In einer späteren Auseinandersetzung mit der Universität, die seine Weiterbeschäftigung zunächst abgelehnt hatte, warf Chapela ihr politische Motive vor.