Das Fußball-Franchise wurde am 27. August 2019 gegründet, nachdem der indischen Geschäftsmann Vijay Madduri und Varun Tripuraneni die Franchiserechte vom aufgelösten FC Pune City erwarben. Später folgte als dritter Miteigentümer der Schauspieler Rana Daggubati. Der Verein startete im Oktober 2019 in seine erste Profisaison. Hyderabad bestritt am 25. Oktober 2019 sein Eröffnungsspiel und erlitt eine 0:5-Niederlage gegen Mohun Bagan. Der Verein beendete seine erste Saison in der Indian Super League auf dem 10. Platz und konnte sich nicht für die Playoffs qualifizieren. Die zweite Saison schloss man als Tabellenfünfter ab. Die Saison 2021/22 feierte der Verein seine erste Meisterschaft.
Der Verein trägt seine Heimspiele im Gachibowli-Stadion in Gachibowli, einem Vorort der Stadt Hyderabad, aus. Das Stadion hat ein Fassungsvermögen von 32.000 Personen.