Hugo Helfritz war ein Sohn des Ivener Gutspächters und Amtmanns Fritz Helfritz und dessen Ehefrau Antonia Cäcilie Franziska, geborene Dornstein (1801–1851).
Helfritz war seit 1865 verheiratet mit Sophie Beseler (1840–1921), Tochter des Juristen Georg Beseler. Aus der Ehe gingen mehrere Kinder hervor, darunter der GeneralmajorPaul Helfritz (1872–1950) und der Rechtswissenschaftler Hans Helfritz (1877–1958).
Das Grab von Hugo Helfritz befindet sich auf dem Greifswalder Alten Friedhof. Eine Straße in Greifswald ist nach ihm benannt.