Anfang des 20. Jahrhunderts wurde im Dorf Horjul ein prähistorischer keltischer Friedhof entdeckt.[2] Obwohl die Funde inzwischen verloren gegangen sind, ist diese Fundstelle aus der späten Eisenzeit der einzige Beweis für eine keltische Präsenz im Horjul-Tal. Die Entdeckung einiger Wasserleitungen aus der Römerzeit wird mit der Villa Rustica in Polhov Gradec in Verbindung gebracht. Der als archäologische Stätte Vovčne–St. Margarethe bekannte Friedhof ist als Kulturerbe eingetragen.[3]
Horjul wurde am 3. Mai 1941 als Teil der Provinz Ljubljana an Italien angegliedert. Im Juni 1941 begannen in der Gegend von Horjul Partisanenaktivitäten.[4] Der Bürgermeister von Horjul, Janez (oder Ivan) Bastič, und seine Frau Marjana wurden am 14. Juni 1942 von den Partisanen entführt, gefoltert und ermordet.[5] Horjul wurde im November 1943 von deutschen Truppen bombardiert, wobei mehrere Häuser verloren gingen.[2] Auf dem Gebiet der Gemeinde Horjul wurden bisher (Stand 1/2024) insgesamt zwei Massengräber aus der Zeit um den Zweiten Weltkrieg gefunden.
