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Im Jahr 1922 wurde Henry Hough als Nachfolger von Sumner Ely Wetmore Kittelle zum neuen Militärgouverneur der Jungferninseln ernannt. Dieses Amt bekleidete er zwischen dem 16. September 1922 und dem 3. Dezember 1923. Zwischen 1923 und 1925 leitete Hough den Marinegeheimdienst und in den Jahren 1925 und 1926 befehligte er die Patrouillenschiffe auf dem Jangtsekiang in China. Seit 1924 bekleidete er den Rang eines Konteradmirals. Im Jahr 1935 schied er aus dem Militärdienst aus; danach zog er sich in den Ruhestand zurück. Henry Hough starb am 9. September 1943 in New York und wurde auf dem Nationalfriedhof Arlington in Virginia beigesetzt.