Der Sohn eines Kaufmanns und einer Lehrerin wurde nach dem Notabitur 1944 als Luftwaffenhelfer und zur Wehrmacht eingezogen. Nach Kriegsende begann er 1946 an der Universität Hamburg ein Studium der Geschichte, Germanistik und Literaturwissenschaft, das er jedoch nicht abschloss, und absolvierte nebenher eine kaufmännische Ausbildung. Während seines Studiums gehörte Kern im Hamburger SDS zum engeren Kreis um den damaligen Bundesvorsitzenden Helmut Schmidt.
Ab 1950 war Kern als kaufmännischer Angestellter, Prokurist und Geschäftsführer verschiedener Papierverarbeitungsbetriebe und Fischereifirmen tätig. Von 1957 bis 1982 gehörte das SPD-Mitglied der Hamburger Bürgerschaft an. 1966 wurde er unter dem Ersten Bürgermeister Herbert Weichmann Senator für Wirtschaft und Verkehr und behielt dieses Amt bis 1976. Von 1971 bis 1972 war Kern außerdem zweiter Bürgermeister. In seine zehnjährige Amtszeit als Wirtschaftssenator fallen neben der Ansiedlung mehrerer Großunternehmen zahlreiche Großprojekte wie der Ausbau des Hamburger Hafens, der Bau der Köhlbrandbrücke und des Neuen Elbtunnels sowie die Organisation des Hamburger Verkehrsverbunds (HVV).[2]
Hamburgs langjähriger Wirtschafts- und Verkehrssenator Helmuth Kern ist in der Nacht vom 8. auf den 9. November 2016 zu Hause in Hamburg verstorben. Seine letzte Ruhestätte erhielt er auf dem Nienstedtener Friedhof.
Helmuth Kern. Autobiografisches Porträt in: Jörg Otto Meier, Von Menschen und großen Pötten. Das Hafenbuch Hamburg. Dölling und Galitz, Hamburg 1996, ISBN 3-930802-30-9. S. 128 ff
Uwe Rohwedder: Helmut Schmidt und der SDS. Bremen 2007, ISBN 978-3-86108-880-6, S. 32 f., 99 f.
Kern, Helmuth. In: Martin Schumacher (Hrsg.): M.d.B. – Die Volksvertretung 1946–1972. – [Kaaserer bis Kynast] (= KGParl Online-Publikationen). Kommission für Geschichte des Parlamentarismus und der politischen Parteien e. V., Berlin 2006, ISBN 3-7700-5224-2, S.602, urn:nbn:de:101:1-2014070812574 (kgparl.de [PDF; 508kB; abgerufen am 19. Juni 2017]).