Wehle wurde am 7. März 1778 in Förstgen als jüngster Sohn des dortigen sorbischen Pfarrers Johann Wehle geboren. Seine Mutter Rahel Dorothea Wehle war die Tochter des Görlitzer Advokaten und Kämmereiverwalters Heinrich Gottlob Rieschke. Die Familie siedelte 1782 ins fünf Kilometer entfernte Kreba über, nachdem Johann Wehle die dortige Pfarre übernommen hatte. Seit seiner Kindheit wurde Heinrich Theodor Wehle durch die Oberlausitzer Heide- und Teichlandschaft geprägt, die er in einigen seiner frühen Werke darstellte.
Da Wehle begeisterter Reiter war, verkaufte er in Dessau seine Zeichnungen für nur wenige Taler, um Geld für den Pferdeverleiher zu haben. Im Jahr 1801 kam er auf Einladung des neuen Zaren Alexander I. nach Russland zu Marie-Gabriel-Florent-Auguste de Choiseul-Gouffier an die Russische Kunstakademie. Schon bald beauftragte man ihn, mit dem Naturwissenschaftler Graf Apollos Mussin-Puschkin (1760–1805) die russischen Regionen Asiens zu bereisen und die exotischen Landschaften zeichnerisch zu dokumentieren. Sie kamen im Februar 1802 in Georgien und im Kaukasus an. Sie reisten weiter nach Persien.
Den Anstrengungen der Reise war Wehle allerdings körperlich nicht gewachsen, weshalb er sich zum Abbruch der Reise entschließen musste und nach Deutschland zurückkehrte. Noch auf der Rückreise verstarb er in Bautzen am Neujahrstag 1805 im Alter von nur 26 Jahren. Er wurde auf dem Friedhof seines Heimatortes Kreba neben dem Grab seines Vaters beigesetzt. Dort wurde am 7. März 1978 anlässlich seines 200. Geburtstags eine Gedenktafel am Pfarrhaus enthüllt.
Editha Holm: Heinrich Theodor Wehle, ein „wirkliches, treffliches Genie“, Zeichnungen von einer Kunstreise nach der kaukasischen Statthalterschaft. In: Jahrbuch der Hamburger Kunstsammlungen, Band VI, Hamburg 1961, S. 85–108.
Eberhard Kahle: Heinrich Theodor Wehle, Städtische Kunstsammlungen Görlitz mit Ministerium für Kultur der DDR, Bautzen 1978.
Alfred Krautz: Die abenteuerliche Reise des Malers Heinrich Theodor Wehle von der Spree bis zum Kaukasus, Domowina-Verlag, Bautzen 1992, ISBN 3-7420-0514-6 bzw. ISBN 978-3-7420-0514-4.
Christina Bogusz, Marius Winzeler: Im Reich der schönen, wilden Natur. Der Landschaftszeichner Heinrich Theodor Wehle 1778–1805. Anlässlich des 200. Todestages von Heinrich Theodor Wehle zu den Ausstellungen im Sorbischen Museum Bautzen (2005), in der Anhaltischen Gemäldegalerie Dessau (2005/06) und im Kulturhistorischen Museum Görlitz (2006), Domowina-Verlag, Bautzen 2005, ISBN 3-7420-2026-9 bzw. ISBN 978-3-7420-2026-0.
Sophie Natuschke, Florian Bielefeldt: Im Kaukasus. Auf den Spuren von Heinrich Theodor Wehle. Arbeitsergebnisse des „Heinrich-Theodor-Wehle Stipendiums“ der Kunststiftung des Landes Sachsen-Anhalt, 2007.
Trudla Malinkowa: Sorbische Denkmale. Handbuch sorbischer Gedenk- und Erinnerungsstätten. Domowina Verlag, Bautzen 2022, ISBN 978-3-7420-2647-7, S. 63f., 112–114.