1945/46 war er in Göttingen Dekan der Rechts- und Staatswissenschaftlichen Fakultät. In ihrer Sitzung am 7. Januar 1946 würdigte er den kurz vor Kriegsende gefallenen Privatrechtler Hans Tägert.[4] 1951 beschrieb er mit dem Weichenstellerfall ein bekanntes Gedankenexperiment, das auch als Trolley-Problem bezeichnet wird. Die Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn berief ihn 1952 auf ihren Lehrstuhl für Strafrechtsprofessur. 1962 wurde Welzel dort Rektor. Seine Antrittsrede befasste sich mit „Wahrheit und Grenze des Naturrechts“.[5]
Bekannt wurde Welzel durch die Begründung der finalen Handlungslehre im Strafrecht. Nach der finalen Handlungslehre, die Welzel auf den Gedanken der Willensfreiheit des Individuums gründete, ist der Vorsatz als Wissen und Wollen der Tatbestandsverwirklichung nicht mehr als Bestandteil der Schuld anzusehen, sondern aufgrund der Sinn- und Zweckgerichtetheit der menschlichen Handlung bereits als Voraussetzung der bloßen Tatbestandsverwirklichung aufzufassen. Möglich wurde diese Auffassung durch die sich durchsetzende Schuldtheorie, die zwar den Vorsatz noch als Schuldelement, jedoch das Bewusstsein der Rechtswidrigkeit der eigenen Handlung (Unrechtsbewusstsein) nicht mehr als Vorsatzbestandteil (dolus malus) sah, sondern als eigenständiges Schuldelement neben dem Vorsatz.
Dadurch bleibt nach der finalen Handlungslehre nur das Element des (potenziellen) Unrechtsbewusstseins als Kernbestandteil der persönlichen Vorwerfbarkeit, der Schuld. Diesem Verbrechensaufbau folgt bis heute mit Abwandlungen ein bedeutender Teil der deutschen Strafrechtswissenschaft.
Die von Welzel begründete finale Handlungslehre wurde auch im Ausland rezipiert, so dass Welzel als einer der bekanntesten deutschen Strafrechtswissenschaftler gilt.
Naturalismus und Wertphilosophie im Strafrecht, 1936
Welzels Lehrbuch zum Strafrecht erschien von 1940 bis 1969 in zahlreichen Auflagen. Der Titel wurde zwei Mal geändert, weswegen auch die Auflagennummerierung ab der ersten Änderung neu begonnen wurde.
Der Allgemeine Teil des Deutschen Strafrechts in seinen Grundzügen, De Gruyter, 1. Aufl. 1940; 2. Aufl. 1943; 3. Aufl. 1944
Das Deutsche Strafrecht in seinen Grundzügen, De Gruyter, 1. Aufl. 1947 (Digitalisat mit beschränktem Zugang via De Gruyter), 2. Aufl. 1949 (Digitalisat mit beschränktem Zugang via De Gruyter)
Das Deutsche Strafrecht. Eine systematische Darstellung, De Gruyter, 3. Aufl. 1954 (Digitalisat mit beschränktem Zugang via De Gruyter); 4. Aufl. 1954; 5. Aufl. 1956; 6. Aufl. 1958; 7. Aufl. 1960; 8. Aufl. 1963 (unveränderte Neuauflage); 9. Aufl. 1965; 10. Aufl. 1967; 11. Aufl. 1969 (Digitalisat mit beschränktem Zugang via De Gruyter)
Um die finale Handlungslehre – eine Auseinandersetzung mit ihren Kritikern, 1949
Oliver Sticht: Sachlogik als Naturrecht? Zur Rechtsphilosophie Hans Welzels, Paderborn [u. a.] 2000, ISBN 3-506-73390-7
Heike Stopp: Hans Welzel und der Nationalsozialismus. Zur Rolle Hans Welzels in der nationalsozialistischen Strafrechtswissenschaft und zu den Auswirkungen der Schuldtheorie in den NS-Verfahren der Nachkriegszeit (=Beiträge zur Rechtsgeschichte des 20. Jahrhunderts; 103). Mohr Siebeck, Tübingen 2018, ISBN 978-3-16-156410-9
↑Hans Welzel: Die Naturrechtslehre Samuel Pufendorfs: ein Beitrag zur Ideengeschichte des 17. und 18. Jahrhunderts. (Teilweise zugleich: Dissertation an der Universität Jena 1930). De Gruyter, Berlin 1958.
↑Vgl. Heike Stopp: Hans Welzel und der Nationalsozialismus - Zur Rolle Hans Welzels in der nationalsozialistischen Strafrechtswissenschaft und zu den Auswirkungen der Schuldtheorie in den NS-Verfahren der Nachkriegszeit. Tübingen (Mohr Siebeck) 2018, ISBN 978-3-16-156410-9.