Gregor Henckel-Donnersmarck stammt aus der schlesischen Familie Henckel von Donnersmarck und war der jüngste Sohn von Friedrich-Carl Graf Henckel von Donnersmarck (1905–1989) und dessen Frau Anna-Ilse von Zitzewitz (1910–1996).[4] Seine Familie floh mit ihm aus Schlesien, bedroht vom Vormarsch der Roten Armee im Zweiten Weltkrieg, zunächst nach Bayern, wo sie sich für fünf Jahre niederließen. Anschließend übersiedelten sie endgültig nach Kärnten in Österreich.[5][6]
1963 machte Henckel-Donnersmarck die Matura am Humanistischen Gymnasium in Klagenfurt. 1963 bis 1964 leistete er seinen Präsenzdienst beim Bundesheer ab und rüstete als Leutnant der Reserve ab. 1964 bis 1969 studierte er an der Hochschule für Welthandel in Wien und spondierte zum Diplomkaufmann (Dipl.-Kfm.). 1970 bis 1977 war er Mitarbeiter der Speditionsfirma Schenker & Co., 1973 bis 1977 als Geschäftsführer Schenker Spanien S.A.E. in Barcelona. Henckel-Donnersmarck missfiel jedoch, dass er als Konzession an seine Karriere „nicht genug Zeit für den Glauben“ hatte.[8]
In Henckel-Donnersmarcks Amtszeit fiel der Besuch von Papst Benedikt XVI. am 9. September 2007 in Heiligenkreuz, der im Rahmen seines Staats- und Pilgerbesuchs in Österreich das Stift und die Hochschule beehrte.[10] Zuvor hatte der Papst die Hochschule am 28. Jänner 2007 zur Hochschule päpstlichen Rechts erhoben und Henckel-Donnersmarck am 3. März 2007 unter Bezug auf dessen Amt als Großkanzler der Hochschule ad personam das Recht verliehen, einen violetten Pileolus zu tragen.[11][5]
Im Februar 2011 legte er sein Amt als Abt in Heiligenkreuz zurück, da er altersbedingt keine komplette Periode mehr ausüben dürfte.[12]
Medial vielbeachtet war sein Vortrag zum Thema Islam, Christentum und Relativismus auf der Fachtagung Das Unbehagen mit der Religion am 18. Juni 2011 im Islamischen Zentrum Wien, bei dem ihm Elsayed Elshahed von der Islamischen Glaubensgemeinschaft in Österreich antwortete: „Herr Abt, betrachten Sie dieses Haus als Ihr Haus!“[13][14] Es war das erste Mal, dass ein hoher kirchlicher Würdenträger einen Vortrag in der Wiener Moschee hielt.