In einer Grotte auf dem Gemeindegebiet wurden menschliche Spuren aus der Zeit um 30.000 vor Christus gefunden.
Ab dem 12. Jahrhundert ist eine Burg in Gourdan nachgewiesen, die dem Ortsadel diente. Die Grundherrschaft war während des Ancien Régime in Händen verschiedener Familien.
Polignan war seit der Gemeindegründung im 19. Jahrhundert ein Ortsteil von Gourdan. Im Jahr 1905 wurde der Gemeindenamen in Gourdan-Polignan geändert.
