Seit 1998 ist Hankel wissenschaftlicher Mitarbeiter der Hamburger Stiftung zur Förderung von Wissenschaft und Kultur. Zwischen Dezember 1999 und Dezember 2001 war er wissenschaftlicher Mitarbeiter im Team der Wehrmachtsausstellung zu den Verbrechen der Wehrmacht mit dem Titel Dimensionen des Vernichtungskrieges 1941–1944.
Seit 2002 untersucht er den Völkermord in Ruanda, wobei er insbesondere die Arbeit der so genannten Gacaca-Gerichte beobachtete und bewertete.
Sein Buch über Leipziger Prozesse, also die strafrechtliche Verfolgung deutscher Kriegsverbrechen im Ersten Weltkrieg, ist das Standardwerk über diese Geschehnisse. 2020 erschien das Buch Das Dilemma, "Entwicklungshilfe" in Afrika, ein Erfahrungsbericht, in dem der Völkerrechtler Gerd Hankel die Entwicklungshilfe in Afrika hinterfragt und Denkanstöße gibt, wie die Zusammenarbeit zwischen Nord und Süd besser laufen könnte.[1] In den Ländern südlich der Sahara ist nach seiner Bestandsaufnahme Korruption, Klientelismus und Inkompetenz in der Gesellschaft breit vertreten. Wichtig ist ihm, dass die Geberländer die Einhaltung der Menschenrechte zum Entscheidungskriterium für Entwicklungshilfe machen.
Projekte und wissenschaftliche Tagungen
Tagung: Reconnaître les Justes et leurs actes dans le génocide des Tutsi afin de bâtir un avenir meilleur, Konferenz, 13. Dezember 2007 in Kigali (Ruanda)
Tagung: Vergleichbarkeit von Völkermorden, 16. Dezember 2004
Deadly Neighbors, internationale Konferenz in Haifa, vom 2.–3. November 2003
Untersuchung der juristischen Aufarbeitung des Völkermords in Ruanda auf internationaler, nationaler und lokaler Ebene
Die UNO. Idee und Wirklichkeit. Hamburger Edition HIS Verlagsgesellschaft, Hamburg 2006, ISBN 3-936096-64-3.
(Hrsg.): Die Macht und das Recht. Beiträge zum Völkerrecht und zum Völkerstrafrecht am Beginn des 21. Jahrhunderts. Hamburger Edition HIS Verlagsgesellschaft, Hamburg 2008, ISBN 978-3-936096-83-5.
Das Tötungsverbot im Krieg. Ein Interventionsversuch. Hamburger Edition HIS Verlagsgesellschaft, Hamburg 2011, ISBN 978-3-86854-224-0.
Ruanda. Leben und Neuaufbau nach dem Völkermord. Wie Geschichte gemacht und zur offiziellen Wahrheit wird. Zu Klampen, Springe 2016, ISBN 978-3-86674-539-1.
Ruanda 1994 bis heute. Vom Umgang mit einem Völkermord. Zu Klampen, Springe 2019, ISBN 978-3-86674-590-2.
Das Dilemma, "Entwicklungshilfe" in Afrika, ein Erfahrungsbericht. Zu Klampen, Springe 2020, ISBN 978-3866746077.
Putin vor Gericht?: Möglichkeiten und Grenzen internationaler Strafjustiz. Zu Klampen, Springe 2022, ISBN 978-3866748361.
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