Von 2009 bis 2015 war Mackenroth Vorsitzender des CDU-Kreisverbandes Meißen und leitete den Landesfachausschuss Wirtschaft und Innovation seiner Partei.[2]
Bei der Landtagswahl in Sachsen 2009 erlangte Mackenroth das Direktmandat im Wahlkreis Riesa-Großenhain 1. Bei der folgenden Regierungsbildung wurde er nicht erneut für ein Ministeramt berücksichtigt und schied daher im September 2009 aus dem Amt. Mackenroth war stellvertretender Vorsitzender des Ausschusses für Wissenschaft und Hochschule, Kultur und Medien; Mitglied im Haushalts- und Finanzausschuss sowie Vorsitzender des ersten Untersuchungsausschusses der fünften Wahlperiode des Sächsischen Landtages („Müll-Enquete“).
Bei der Landtagswahl in Sachsen 2014 gelang es Mackenroth sein Direktmandat im Wahlkreis Meißen 1 zu verteidigen. Er zog erneut in den Sächsischen Landtag ein. Mackenroth ist in der aktuellen Legislaturperiode Mitglied im Petitionsausschuss und Mitglied im Bewertungsausschuss des Sächsischen Landtages.
Nach der Rücktrittsankündigung von Frank Kupfer wurde Mackenroth am 13. September 2018 von Ministerpräsidenten Michael Kretschmer als sein Wunschkandidat für den CDU-Fraktionsvorsitz der CDU im Sächsischen Landtag vorgestellt.[3] Bei der Kampfabstimmung am 25. September 2018 konnte sich jedoch Christian Hartmann mit 32 zu 24 Stimmen gegen Mackenroth durchsetzen.[4]
Positionen
Heftige Kritik zog Mackenroth 2003 als Vorsitzender des Deutschen Richterbundes auf sich, als er anlässlich des Mordfalles Jakob von Metzler andeutete, er könne sich Konstellationen vorstellen, in denen die Androhung von Folter durch Strafverfolgungsbehörden gerechtfertigt sei. Später nahm er diese Meinungsäußerung zurück.[5]
2008 warf er während des Dresdner Brückenstreits den Gegnern der Waldschlößchenbrücke vor, sie seien „die geistigen Väter von denjenigen […], die im Umfeld der Brückenbaustelle Straftaten begehen“, und sprach in diesem Zusammenhang von „Brücken-Dschihadismus“.[6]
Kritisiert wurde er wegen seiner späten Reaktion auf das Bekanntwerden von Vorfällen in der westsächsischen Jugendstrafvollzugsanstalt Regis-Breitingen. Dort war im Mai 2008 ein Jugendlicher von Mithäftlingen brutal gefoltert und zum Suizid aufgefordert worden. Anschließend versuchten zwei Häftlinge ihn zu erdrosseln.[7] Auf einer Pressekonferenz im Juli 2009 erklärte Mackenroth, unmittelbar nach diesem Fall habe es mehrere Maßnahmen zum Schutz vor Übergriffen auf Häftlinge gegeben. Wenige Tage später wurde bekannt, dass Mackenroth einen weiteren Folterfall nicht erwähnt hatte, der sich wenige Monate nach der ersten Tat im September 2008 ereignet hatte. Dabei war einer der Täter aus dem ersten Fall erneut beteiligt.[8] Zudem wurden zwei Fälle von Suizid in der Jugendstrafanstalt bekannt.[9]