Im Jahr 1989 war er Klubdirektor des Freiheitlichen Parlamentsklubs und 1991–2002 war Steinkeller Mitglied des Gemeinderates von Leonding, 1991–2003 auch Abgeordneter zum Oberösterreichischen Landtag. 1991–2003 war er Bezirksparteiobmann der FPÖ Linz-Land. Von 6. März 2003 bis 23. Oktober 2003 war er Landesrat für Umweltschutz, Frauen und Konsumentenschutz in Oberösterreich. 2003–2005 war er Landesparteiobmann der FPÖ Oberösterreich. Von Juli 2004 bis April 2005 war er auch stellvertretender Bundesparteiobmann der FPÖ.
Am 13. September 2005 gab er seinen Rücktritt als Landesparteiobmann der FPÖ Oberösterreich bekannt. Dies folgte in Konsequenz auf die Abspaltung des BZÖ von der FPÖ, in deren Folge die FPÖ-Landespartei Oberösterreich einen unabhängigen Kurs von der Bundes-FPÖ eingeschlagen wollte. Günther Steinkellner war deswegen im April 2005 von der FPÖ vorübergehend ausgeschlossen worden. Nachdem im Jänner 2006 der Parteiausschluss aufgehoben worden war, war Steinkellner Abgeordneter und bis 22. Oktober 2015 Klubobmann der FPÖ im oberösterreichischen Landtag.