Die Fußball-Verbandsliga Mittelrhein 1989/90 war die 44. Spielzeit der höchsten Spielklasse im Fußball-Verband Mittelrhein. Sie war eine Ligenebene unterhalb der Oberliga Nordrhein angesiedelt und wurde in einer Staffel ausgetragen.
Im Vergleich zur Vorsaison war keine Mannschaft aus der Oberliga Nordrhein abgestiegen. Aus den Landesligen kamen Schwarz-Weiß Düren (Rückkehr nach 38 Jahren), die TuS Marialinden (erstmals in der Verbandsliga) und der SC 09 Erkelenz (Wiederaufstieg nach einer Saison) hinzu.
Sieger wurde zum zweiten Mal der TuS 08 Langerwehe, der damit nach sechs Spielzeiten wieder in die Oberliga Nordrhein aufstieg.
Am Saisonende mussten die Mannschaften auf den letzten beiden Plätzen absteigen. Der TuS Lindlar verließ die Verbandsliga sechs Jahre nach seinem Aufstieg wieder, der Siegburger SV 04 nach 17 Jahren.