Die Fußball-Verbandsliga Mittelrhein 1988/89 war die 43. Spielzeit der höchsten Spielklasse im Fußball-Verband Mittelrhein. Sie war eine Ligenebene unterhalb der Oberliga Nordrhein angesiedelt und wurde in einer Staffel ausgetragen.
Sieger wurde erstmals die Amateurmannschaft von Alemannia Aachen, die damit in die Oberliga Nordrhein aufstieg.
Am Saisonende mussten die Mannschaften auf den letzten drei Plätzen absteigen. Der SV Baesweiler 09 verließ die Verbandsliga 17 Jahre nach seinem Aufstieg wieder, der VfL Rheinbach nach einer Saison und der SV Hoengen nach zwei Spielzeiten.