Die Saison 2008/09 der Oberliga Hamburg war die 64. Spielzeit der Fußball-Oberliga Hamburg und die erste als fünfthöchste Spielklasse in Deutschland. Durch die Einführung der 3. Liga und der Aufsplittung der Oberliga Nord zur Saison 2008/09 erhielt die zuvor als Verbandsliga geführte, fünftklassige Hamburg-Liga den Status einer Oberliga.
Den Meistertitel sicherte sich der SC Victoria Hamburg mit zwei Punkten Vorsprung auf den Meiendorfer SV. Der SC Victoria Hamburg beantragte – ebenso wie die folgenden Mannschaften in der Tabelle – keine Lizenz für die Regionalliga, wodurch die auf dem fünften Rang liegende, zweite Mannschaft des FC St. Pauli an den Aufstiegsspielen gegen den Bewerber der Schleswig-Holstein-Liga teilnahm. Dort setzte sich St. Pauli in zwei Spielen gegen die zweite Mannschaft von Holstein Kiel durch und feierte den Aufstieg in die Regionalliga.
Die Zweitmannschaften von Erst- und Zweitligisten durften nur Spieler einsetzen, die während des gesamten Spieljahres (1. Juli bis 30. Juni) nicht älter als 23 Jahre waren (U23). Somit waren in dieser Saison grundsätzlich nur Spieler spielberechtigt, die am oder nach dem 1. Juli 1985 geboren wurden. Darüber hinaus durften sich drei ältere Spieler gleichzeitig im Spiel befinden.
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Der SC Victoria Hamburg als Meister sowie die folgenden Mannschaften auf den Rängen 2 bis 4 verzichteten auf eine Teilnahme an der Aufstiegsrunde zur Regionalliga mit den Teilnehmern der Bremen-Liga und der Schleswig-Holstein-Liga.
Kreuztabelle
Die Kreuztabelle stellt die Ergebnisse aller Spiele dieser Saison dar. Die Heimmannschaft ist in der linken Spalte, die Gastmannschaft in der oberen Zeile aufgelistet.
