Die Fußball-Bezirksklasse Ostpreußen 1939/40 war die siebte Spielzeit der zweitklassigen Fußball-Bezirksklasse Ostpreußen im Sportgau Ostpreußen. Der Spielbetrieb war durch den Beginn des Zweiten Weltkrieges geprägt, erst am 26. November 1939 wurde der regelmäßige Spielbetrieb aufgenommen.
Nachdem durch den Gebietsgewinn in Westpreußen für die Vereine aus Danzig und Elbing der Sportgau Danzig-Westpreußen geschaffen wurde, wurde die diesjährige Bezirksklasse Ostpreußen in vier Staffeln ohne die Staffeln Danzig und Elbing ausgespielt. Die Sieger der einzelnen Staffeln qualifizierten sich direkt für die Gauliga Ostpreußen 1940/41, eine Aufstiegsrunde wurde in dieser Spielzeit nicht ausgetragen.