Er folgte dem kinderlosen Kurfürsten Ottheinrich (1556–1559), dem Stiefvater seiner Frau Marie, in der pfälzischen Kurwürde. Bereits 1528 zusammen mit seinen Brüdern Georg und Reichard an der Alten Universität Köln (Universitas Studii Coloniensis) immatrikuliert, wurde Friedrich seit 1546 ein eifriger, überzeugter Anhänger der Reformation. Vermählt mit der protestantischen Maria, der Tochter des Markgrafen Kasimir von Brandenburg-Kulmbach 1537, hatte er eine zahlreiche Familie; er war ein armer, mit materieller Not vielfach kämpfender Fürst, als er am 12. Februar 1559 die Kur erhielt. Als Kurfürst stand er im Reich in großem Ansehen wegen der Energie, mit der er die protestantische Sache vertrat. Der reformierten Auffassung sich zuneigend, trat er bei der seit 1560 immer schroffer werdenden Parteiung zwischen Lutheranern und Reformierten immer entschiedener für die Sache der Reformierten auf.
Auf seine Initiative geht dann auch der Heidelberger Katechismus von 1563 zurück, auf dessen Redaktion er bis in Einzelheiten hinein großen Einfluss ausgeübt hat; er setzte durch, dass die Pfalz diesem, den Katechismus Luthers ersetzenden Bekenntnis anhing. Die Lutheraner verließen das Land. Diese pfälzische Religionsveränderung wurde von den deutschen Protestanten nicht gern gesehen. Man bestritt den Calvinisten, denen auch Friedrich III. angehörte, die „Zugehörigkeit zu den Augsburger Konfessionsverwandten“, denen der Augsburger Reichs- und Religionsfrieden von 1555 Duldung zuerkannt hatte; man wollte die Reformierten als außerhalb des Friedens stehende Sektierer bezeichnen. Auf dem Augsburger Reichstag von 1566 hatte Kurfürst Friedrich deshalb heftige Anfechtungen zu bestehen. Der Zwiespalt und Gegensatz der beiden protestantischen Richtungen wurden vornehmlich durch Kursachsen und Kurpfalz repräsentiert.
Auch im eignen Haus hatte Friedrich Ärger: Der älteste Sohn, Ludwig, war Lutheraner, der zweite, Johann Kasimir, Anhänger der väterlichen Religion und Politik. Mit allen Gegnern der habsburgisch-katholischen Partei in Europa stand Friedrich in Verbindung: In England, in Frankreich und in den Niederlanden reichte er den kämpfenden Protestanten die Hand. Besonders die französischen Hugenotten erfreuten sich wiederholt seines Rats und seiner Hilfe, so 1562 und 1567. Im Jahr 1568 nahm Johann Kasimir im Auftrag des Vaters am Hugenottenkrieg teil, und der niederländische Aufstand wurde von einem pfälzischen Heer unterstützt. Der dritte Sohn Friedrichs, Christoph, fand in der Schlacht auf der Mooker Heide (April 1574) den Tod. Im Innern suchte der Kurfürst auf jede Weise die Blüte der Heidelberger Universität zu heben und sorgte unablässig für das Kirchen- und Schulwesen seines Landes.
Unmittelbar nach dem Erscheinen des Buches De praestigiis daemonum des Kritikers der Hexenverfolgung Johann Weyer (1515/16–1588) im Jahr 1563 lehnte Kurfürst Friedrich III. die weitere Tortur und Anwendung der Todesstrafe für angebliche Hexen ab.[2]Christoph Prob († 1579), sein Kanzler, verteidigte Weyers Auffassung noch im selben Jahr auf dem Rheinischen Kurfürstentag in Bingen.[3]
1568 wies Friedrich reformierte wallonische Glaubensflüchtlinge in das aufgelassene Kloster Lambrecht ein. Viele der Wallonen waren Tuchmacher und begründeten eine lange währende Tradition im Neustadter Tal. Im Bemühen, auch die reformatorischen Täufer für die neue reformierte Landeskirche zu gewinnen, initiierte Friedrich im Frühjahr 1571 das Frankenthaler Religionsgespräch zwischen Vertretern täuferischer Gemeinden und der Reformierten Kirche.
Volkmar Joestel: Kurfürst Friedrich III. von der Pfalz (1515–1576). In: Rolf Straubel (Hrsg.): Kaiser – König – Kardinal. Leipzig 1991, S. 124–130.
Andreas Wirsching: „Ob ich gleych eyn armer eynfeltiger lay bin“. Kurfürst Friedrich III. von der Pfalz und das konfessionelle Zeitalter. In: Elke Axmacher (Hrsg.): Belehrter Glaube. Frankfurt am Main 1994, S. 373–399.
Rudolf Zimmer: Pfalzgraf Friedrich II. von Pfalz-Simmern (1557–1559). Spätreformation und Politik. In: Jahrbuch für westdeutsche Landesgeschichte, 39, 2013, S. 187–212.
Bildnis des Kurfürsten Friedrich III. des Frommen von der Pfalz und seiner beiden Gemahlinnen Maria von Brandenburg-Kulmbach und Amalia von Neuenahr in der Porträtgalerie des Hauses der Bayerischen Geschichte
↑De praestigiis daemonum et incantationibus ac veneficiis. 2. Auflage. Johann Oporinus Nachfolger, Basel 1577, S. 717. Christoph Meiners: Historische Vergleichung der Sitten und Verfassungen, der Gesetze und Gewerbe des Handels und der Religion, der Wissenschaften und Lehranstalten des Mittelalters mit denen unsers Jahrhunderts. Band 3. Helwing, Hannover 1794, S. 368 f.