Im Juli 1945 wurde er für die KPD in Zwickau zum Stadtrat für Volksbildung ernannt. Im Jahr 1946 wurde er mit einem Lehrauftrag für Statistik und Politische Ökonomie an die Universität Leipzig berufen und nach seiner Habilitation 1947 Direktor des Instituts für Wirtschaftswissenschaften und Statistik sowie Gründungsdekan der gesellschaftswissenschaftlichen Fakultät der Universität. 1954 war er Mitbegründer des Instituts für Wirtschaftswissenschaften der Deutschen Akademie der Wissenschaften und von 1955 bis 1957 Leiter der Staatlichen Zentralverwaltung für Statistik, stellvertretender Vorsitzender der Staatlichen Plankommission und Mitglied des Ministerrates der DDR.
Seine Kritik am staatszentralistischen bürokratischen Führungsstil in der Wirtschaft, sein Konzept einer demokratischen sozialistischen Selbstverwaltung und seine Theorie vom Absterben der wirtschaftsorganisatorischen Funktion des Staates, formuliert im Buchmanuskript Zur ökonomischen Theorie und ökonomischen Politik in der Übergangsperiode, brachten ihm auf der 30. Tagung des Zentralkomitees der SED den Vorwurf des Revisionismus ein. Im Jahr 1957 wurde er aller staatlichen Funktionen enthoben und war seitdem als Arbeitsgruppenleiter am Institut für Wirtschaftswissenschaften der Akademie der Wissenschaften tätig. Auf der Hochschulkonferenz der SED 1958 übte er öffentliche Selbstkritik. Nachdem er erneut Zweifel an der Reformierbarkeit des Staatssozialismus geäußert hatte, wurde er im Jahr 1968 vorzeitig emeritiert. Danach arbeitete er an Konzepten für Pluralismus und Selbstverwaltung im Sozialismus und befasste sich mit den Ursachen für das Scheitern der „sozialistischen Variante des Staatsmonopolismus“.
Thomas Kuczynski: Fritz Behrens und seine rätekommunistische Kritik sozialistischer Reform, in: Wladislaw Hedeler, Mario Keßler (Hrsg.): Reformen und Reformer im Kommunismus, VSA:Verlag, Hamburg 2015, S. 36–52
↑Datum nach Todesanzeige in Neues Deutschland v. 23. Juli 1980, S. 8; die Angaben nach anderen Quellen: gest. 16. Juli 1980, 19. Juli 1980 in Berlin sind anscheinend falsch.
↑Verzeichnis der Ehrenpromotionen. In: geschichte.archiv.uni-leipzig.de. Archiv der Universität Leipzig, archiviert vom Original (nicht mehr online verfügbar) am 19. Oktober 2020; abgerufen am 14. November 2020 (Ordnung nach Graduierungsjahr).