Lowy zog 1974 nach Toronto und wurde Direktor des Clarke Institute of Psychiatry, einem psychiatrischen Krankenhaus, und als Nachfolger von Robin CA Hunter Professor für Psychiatrie an der University of Toronto. Er arbeitete von 1980 bis 1987 als Dekan der Medizinischen Fakultät. Er war Gründer und erster Direktor des Zentrums für Bioethik (heute University of Toronto Joint Centre for Bioethics). 1995 kehrte er nach Montreal zurück, um der vierte Rektor und Vizekanzler der Concordia University zu werden (2004 wurde der Titel auf „President and Vice-Chancellor“ geändert). Er hielt dieses Amt bis zum 1. August 2005 inne.
Lowy hat zahlreiche Vorträge gehalten und Schriften veröffentlicht. Seine jüngsten Publikationen untersuchen ethische Fragen, die moderne Ärzte und Gesundheitswissenschaftler stellen. Er war Mitglied des Board of Directors des Montreal Board of Trade und der Centraide (Montreal), Vize-Präsident der Konferenz der Rektoren und Schulleiter von Quebec, und gehörte dem Vorstand des National Ballet of Canada an. Er war Treuhänder bei Sunnybrook Health Sciences Centre, dem Mount Sinai Hospital, St. Michael’s Hospital und Toronto Hospital, und dem Ontario Cancer Institute. Im Auftrag der Regierung von Ontario leitete er von 1988 bis 1990 eine Untersuchung der pharmazeutischen Industrie und verfasste zahlreiche Beiträge zu wissenschaftlichen Publikationen, einschließlich der Herausgabe des Canadian Journal of Psychiatry.
Lowy war von 1995 bis 2005 Präsident und Vize-Kanzler der Concordia University.
Er leitete als Interims-Direktor die Sauvé Scholars Foundation (2007–2008) und wurde im Mai 2008 in das Direktorium der Sauvé Scholars Foundation gewählt. Er ist Seniorberater des Präsidenten der Stiftung Trudeau.
Am 21. Januar 2011 kehrte er nach dem umstrittenen Abgang von Judith Woodsworth interimistisch in die Position des Präsidenten der Concordia University zurück.[3]
Im Jahr 2000 wurde er zum Offizier des Order of Canada ernannt. Er erhielt Ehrendoktorate an der Universität von Toronto (1998), McGill University (2001), und Concordia University (2008). Lowy ist mit Mary Kay Lowy (Dr. MK O’Neil) verheiratet. Er hat vier Kinder, David, Eric, Adam, und Sarah, und acht Enkelkinder.[4]