Das Fort Warren wurde im Jahr 1861 kurz nach Beginn des Sezessionskriegs fertiggestellt. Für den größten Teil des Bauwerks verantwortlich war Sylvanus Thayer, der später vor allem in seinem Amt als Superintendent der United States Military Academy in West Point große Bekanntheit erlangte. Während des Sezessionskriegs diente das Fort zudem als Gefängnis für gefangen genommene Angehörige der Land- und Seestreitkräfte der Konföderierten Staaten von Amerika, gewählte zivile Bedienstete des Staates Maryland sowie politische Gefangene der Nordstaaten.
Das Gefängnis war dafür bekannt, dass die dortigen Insassen human behandelt wurden. Inhaftierte konföderierte Offiziere gaben Justin E. Dimick, dem Sohn des Lager-Kommandeurs, bei seiner Abreise zur Teilnahme am Krieg einen Brief mit, in dem sie eine gute Behandlung befahlen, sollte er selbst in Gefangenschaft geraten. Tatsächlich wurde er jedoch im Mai 1863 in der Schlacht bei Chancellorsville tödlich verwundet.
Im Fort wurde der bekannte Marsch der Nordstaaten mit dem Titel John Brown geschrieben, der die Melodie eines alten Lieds der Methodisten nutzt. Julia Ward Howe schrieb später das Gedicht “The Battle Hymn of the Republic”, dessen Text mit der Melodie des John Brown-Lieds vereint wurde und den alten ersetzte. Das Lied gehört heute zu den bekanntesten der Bürgerkriegszeit.
Nach dem Sezessionskrieg
Das Fort wurde in späterer Zeit auch während des Spanisch-Amerikanischen Kriegs sowie im Ersten Weltkrieg genutzt. Von den späten 1890er Jahren bis zum Beginn des 20. Jahrhunderts wurde es so modifiziert, dass es modernere Geschütze aufnehmen konnte, die zu dieser Zeit speziell zur Küstenverteidigung entwickelt wurden.
Während des Zweiten Weltkriegs war im Fort das Kontrollzentrum für das südliche Minenfeld des Hafenbeckens angesiedelt, das zur Abwehr möglicher Angriffe von U-Booten der Kriegsmarine ausgelegt worden war. Zu dieser Zeit war die 1940 gegründete 241. Coast Artillery (Harbor Defence) in der Anlage stationiert. Nach 1950 wurde Fort Warren außer Dienst gestellt.
Außerdienststellung und Öffnung für Touristen
Das Fort befand sich bis 1958 im Eigentum der Bundesregierung der Vereinigten Staaten und wurde zu diesem Zeitpunkt von der General Services Administration auf den Bundesstaat Massachusetts übertragen. Nach abgeschlossenen Renovierungsarbeiten wurde es 1961 der Öffentlichkeit zugänglich gemacht.
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