Die Football League One 2006/07 war die dritte Spielzeit der Football League Two als vierthöchste englische Spielklasse hinter der Premier League, der Football League Championship und der Football League One sowie gleichzeitig die 15. Saison der dritthöchsten Spielklasse der Football League nach Einführung der Premier League im Jahr 1992.
Die drei bestplatzierten Vereine FC Walsall, Hartlepool United und Swindon Town stiegen direkt in die Football League One auf. Die Vereine auf den Plätzen vier bis sieben ermittelten im Play-off-Modus den vierten Aufsteiger. Hierbei setzte sich der Bristol Rovers durch.