Später wurde er Funktionär, zunächst im philippinischen Schachverband, dann im Weltschachbund FIDE. 1982 wurde er als erster Nichteuropäer zu dessen Präsident gewählt (er setzte sich gegen Friðrik Ólafsson und den Jugoslawen Kazic durch.[4]) und behielt dieses Amt bis 1995. Auf dem 66. FIDE-Kongress im November 1995 in Paris warf man ihm Unregelmäßigkeiten in den Finanzen vor und wählte ihn ab. Sein Nachfolger wurde Kirsan Iljumschinow, der Präsident der russischen autonomen Republik Kalmückien.
1990/91 zog sich Campomanes bei einem Autounfall in Uganda ein schweres Schleudertrauma zu und musste eine Zeitlang eine Halsmanschette tragen. Bei dem Unfall kam der den Wagen steuernde Präsident der Schachföderation von Uganda, Paul Bitarabeho, ums Leben.[5]