Flacey liegt etwa acht Kilometer nordnordöstlich des Stadtzentrums von Châteaudun. Umgeben wird Flacey von den Nachbargemeinden Montharville im Norden, Bonneval im Nordosten, Saint-Christophe im Osten und Südosten, Marboué im Süden und Südwesten sowie Dangeau im Nordwesten.