Ferdinand II. war der Sohn Cosimos II. und Enkel Ferdinands I. Er folgte 1621 als Elfjähriger seinem Vater in der Regierung nach, wobei er unter Vormundschaft seiner Mutter, der Erzherzogin Maria Magdalena von Österreich, und seiner Großmutter Christine von Lothringen gestellt wurde, denen wiederum vier Räte beigesellt waren.
Er selbst ergriff 1628 die Zügel der Regierung, geriet aber wieder in die Abhängigkeit von Spanien, die sein Großvater gebrochen hatte, und der Priesterschaft. Ferdinand II. konnte überhaupt in den vielfachen Wirren jener Zeit seine Selbständigkeit nach außen nicht behaupten und starb 1670, wegen seiner Milde und seiner Freundlichkeit von allen seinen Untertanen geliebt, obgleich seine Schwäche dem Land Wunden geschlagen hatte, die zu heilen es langer Zeit bedurfte.
Nachkommen aus seiner 1634 geschlossenen Ehe mit Vittoria della Rovere, der Letzten des Herzogshauses von Urbino, Della Rovere, das im 15./16. Jahrhundert zwei Päpste gestellt hatte:
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