Er erhielt im Krieg gegen Frankreich (1805) den Oberbefehl des 3. österreichischen Armeekorps, das sich in Schwaben aufstellte, und wurde, nachdem der ihm als Chef des Generalstabs beigegebene Feldmarschalleutnant Mack in seiner Stellung an der Iller, zwischen Ulm und Günzburg, abgeschnitten worden war, am 9. Oktober vom Marschall Ney bei Günzburg geschlagen.
Ferdinand entkam jedoch, während Mack in Ulm kapitulierte, über Geislingen an der Steige und Oettingen mit ca. 2000 Reitern nach Böhmen, während Infanterie und schweres Geschütz der verfolgenden Reiterei Murats an der Altmühl in die Hände fielen. Hierauf erhielt er den Oberbefehl über die kaiserlichen Truppen in Böhmen, organisierte den Landsturm, lieferte den Bayern mehrere glückliche Treffen und deckte den rechten Flügel der großen verbündeten Armee bis zur Schlacht von Austerlitz.
Durch den Übergang Dombrowskis über die Bzura wurden die Österreicher genötigt, am 2. Juni Warschau zu räumen und auch einen Teil von Galizien mit Krakau dem nachrückenden Poniatowski zu überlassen.
1815 übernahm Ferdinand den Oberbefehl über die österreichische Reserve und ging mit zwei Abteilungen derselben über den Rhein, ohne aber Gelegenheit zu erhalten, sich auszuzeichnen.
In seiner schwierigen Stellung in Lemberg von dem galizischen Adel getäuscht und in Sorglosigkeit gewiegt und von dem Ausbruch des Krakauer Aufstands im Jahre 1846 überrascht, verzichtete er bald auf seinen Posten, lebte seitdem meist in Italien und starb am 5. November 1850 auf Schloss Ebenzweier in Altmünster am Traunsee (bei Gmunden). Sein Herz wurde getrennt bestattet und befindet sich in der Loretokapelle der Wiener Augustinerkirche.
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