Perego begann seine Trainerlaufbahn in seiner Geburtsstadt Lissone, 2006 wechselte er in die Jugendabteilung von Aurora Desio. 2008 holte ihn Andrea Trinchieri als Co-Trainer zum Zweitligisten Prima Veroli.[1] 2010 wechselte Perego zum Erstligisten Pallancanestro Cantù, wo Trinchieri ab 2009 als Cheftrainer im Amt war. Die beiden arbeiteten dort erneut zusammen. Perego blieb bis 2013 Co-Trainer in Cantù und trug zum Gewinn des italienischen Supercups im Jahr 2012 bei. Im Spieljahr 2013/14 war Perego Co-Trainer bei Paffoni Omegna.[2]
2014 wechselte er zum deutschen Bundesligisten Brose Bamberg und arbeitete als Assistenztrainer unter Trinchieri.[3] Perego war als Co-Trainer an Bambergs deutschen Meistertiteln 2015, 2016 und 2017 sowie am Gewinn des deutschen Pokalwettbewerbs 2017 beteiligt.[4] Trinchieri wurde im Februar 2018 in Bamberg entlassen,[5] Perego blieb für die Mannschaft tätig. Nach der Entlassung von Ainars Bagatskis im Januar 2019 wurde Perego in Bamberg zum Cheftrainer befördert.[6] Der Italiener führte die Mannschaft Mitte Februar zum Sieg im BBL-Pokalendspiel.[7] In der Bundesliga schied man im Viertelfinale gegen Vechta aus.[8] Perego verließ Bamberg nach dem Ende der Saison 2018/19 und wurde Cheftrainer des italienischen Erstligisten Victoria Libertas Pesaro.[9] Er wurde in Pesaro im Dezember 2019 nach zehn Niederlagen in Folge entlassen.[10] Im Sommer 2021 trat er das Co-Traineramt bei Guerino Vanoli Basket an.[11]
