1254 erwarb das Kloster Töss Grundbesitz und Rechte in Fahrhof; dabei wurde die Siedlung erstmals erwähnt als Vare. Vom Spätmittelalter bis 1798 war die Siedlung Teil des Niedergerichts Oberneunforn.[2]
Das seit der Reformation im Jahr 1525 mehrheitlich reformierte Fahrhof gehörte stets zur Pfarrei Neunforn. Bis 1776/79 führte Fahrhof mit dem benachbarten Zürcher Weiler Burghof (Gemeinde Ossingen) eine gemeinsame Schule.[2]
Im 19. Jahrhundert fand der Übergang zur Milch- und Viehwirtschaft sowie zum Obstbau statt. Der im 19. Jahrhundert aufgegebene Rebbau hat in der bis heute bäuerlich geprägten Siedlung wieder an Bedeutung gewonnen.[2]