Der FK Krasnodar wurde im Jahr 2008 von Sergei Galizki, dem Eigentümer der Einzelhandelskette Magnit gegründet.[1] In der ersten Saison gelang mit dem dritten Platz in der 2. Division der direkte Aufstieg in die zweithöchste Spielklasse Russlands, da mehrere Vereine wegen der Finanzkrise nicht teilnehmen konnten.[2] Hier konnte der Verein 2009 den zehnten Rang in der Abschlusstabelle belegen. Da sich Saturn Ramenskoje freiwillig aus der Premjer-Liga zurückzog, wurde der FK Krasnodar als der Fünftplatzierte der 1. Fußball-Division 2010 in die Premjer-Liga aufgenommen.[3] In den ersten beiden Spielzeiten im russischen Fußballoberhaus belegte die Mannschaft aus Krasnodar Plätze im gesicherten Tabellenmittelfeld.
In der Saison 2014/15 kämpfte die Mannschaft bis zum letzten Spieltag um die Vizemeisterschaft in der heimischen Liga, musste allerdings den ZSKA Moskau vorbeiziehen lassen und nahm durch den dritten Tabellenplatz erneut an der Qualifikation für die UEFA Europa League 2015/16 teil. In den beiden Qualifikationsrunden konnte die Mannschaft sich gegen ŠK Slovan Bratislava und HJK Helsinki durchsetzen und wie bereits im Vorjahr die Gruppenphase erreichen. Mit Borussia Dortmund, PAOK Thessaloniki und FK Qəbələ vervollständigte Krasnodar die Gruppe C des Wettbewerbs. Bereits nach dem fünften Spieltag schaffte die Mannschaft zum ersten Mal in seiner Geschichte den Sprung ins Sechzehntelfinale der Europa League, wo sie allerdings gegen Sparta Prag ausschied.
In der Premjer-Liga 2015/16 belegte FK Krasnodar den vierten Platz in der Abschlusstabelle. Somit war der Club berechtigt in der dritten Qualifikationsrunde in den Kampf um die UEFA Europa League 2016/17 einzusteigen, wo sie auf den FC Birkirkara trafen. Beide Partien wurden gegen den maltesischen Club gewonnen (3:0 und 3:1).[5] In der darauffolgenden Play-off-Runde gegen den FK Partizani Tirana gewann Krasnodar im heimischen Stadion mit 4:0 und spielte 0:0 auswärts. Somit spielte das Team aus Krasnodar in der Gruppenphase des Wettbewerbes und traf in der Gruppe I auf FC Schalke 04, FC Red Bull Salzburg und OGC Nizza. Am 6. Oktober 2016 wurde Igor Schalimow als Nachfolger von Oleg Kononow auf dem Cheftrainerposten vorgestellt.[6] In der Europa League wurde FK Krasnodar Tabellenzweiter hinter Schalke und traf somit im Sechzehntelfinale auf Fenerbahçe Istanbul. Krasnodar gewann im heimischen Stadion mit 1:0 und erspielte 1:1 in der Türkei.[7] Der Einzug ins Viertelfinale des europäischen Wettbewerbs blieb dem Verein im Achtelfinaleduell gegen Celta Vigo nach zwei Niederlagen (1:2 in Spanien und 0:2 auf heimischem Boden) verwehrt. In der nationalen Premjer-Liga 2016/17 erzielte FK Krasnodar erneut den vierten Tabellenplatz, der den Club abermals berechtigte, in der dritten Qualifikationsrunde der UEFA Europa League 2017/18 zu starten. Hier trafen sie auf den Lyngby BK, beide Spiele wurden gegen den dänischen Club gewonnen (2:1 und 3:1). In der anschließenden Play-off-Runde gegen den FK Roter Stern Belgrad gewann Krasnodar zwar das Heimspiel mit 3:2, verlor jedoch das Rückspiel in der serbischen Hauptstadt mit 1:2 und schied wegen der Auswärtstorregel aus dem Wettbewerb aus.
Stadion
Das Kuban-Stadion von 1960
Der Verein trug zunächst seine Heimspiele im 32.000 Zuschauer fassenden Kuban-Stadion aus, das bereits im Jahre 1960 erbaut wurde. Der FK Krasnodar teilte sich seine Heimspielstätte mit dem Stadtrivalen FK Kuban Krasnodar. Sergei Galizki baute seit 2013 in eigener Regie an der Straße Wostotschno-Kruglikowskaja im Nordosten der Stadt das Krasnodar-Stadion mit 34.291 Plätzen, das am 9. Oktober 2016 vor 34.200 Zuschauern mit einem Freundschaftsspiel von Russland gegen Costa Rica (3:4) eingeweiht wurde.[8] Die erste Partie des FK Krasnodar fand im neuen Stadion am 20. Oktober 2016 im Rahmen der UEFA Europa League gegen den FC Schalke 04 (0:1) statt.[9]
FK Krasnodar II ist ebenfalls eine Profimannschaft und spielt in der drittklassigen Perwenstwo PFL Division A.
Die Reservemannschaft des FK Krasnodar wurde im Frühjahr 2013 initiiert und nahm zur Spielzeit 2013/14 den Spielbetrieb in der Südstaffel der drittklasiggen Perwenstwo PFL auf. In der ersten Spielzeit belegte sie dort den letzten Nicht-Abstiegsplatz, ehe sie sich in den folgenden Jahren im vorderen Mittelfeld platzierte. 2018 profitierte FK Krasnodar-2 vom Rückzug von Amkar Perm aus der Premjer-Liga, in dessen Folge Anschi Machatschkala in die höchste Spielklasse und die Zweitvertretung in die zweitklassige Perwenstwo FNL nachrückte. Hier platzierte sie sich im mittleren Tabellenbereich, ehe sie am Ende der Spielzeit 2022/23 wieder abstieg.
