Der FC Fredericia wurde 1991 gegründet als gemeinsame Profiabteilung der Vereine Fredericia fF („Vereinigte Fußballvereine Fredericia“) und Fredericia KFUM („CVJM Fredericia“). 2003 zog sich Fredericia fF aus dem Projekt zurück, so dass seither Fredericia KFUM der alleinige Trägerverein des FC Fredericia ist.
Im Herbst 2005 gewann der Verein die erste Ausgabe des Fionia Bank Cup, einem Turnier mit den beiden Lokalrivalen aus dem Trekantsområde, Kolding FC und Vejle BK, bei dem die Ligaergebnisse der drei Vereine untereinander ausgewertet wurden.
Seit der Saison 2007/08 ist der Verein durchgehend in der 1. Division vertreten. Im nationalen Pokal war das Erreichen des Halbfinals der bisher größte Erfolg.
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