Das Institut betreibt den Browser QuickGO, mit dem in der Datenbank Gene Ontology gesucht werden kann.[4]
Das EBI stellt Datenbanken, Tools und Software für die Forschung zur freien Verfügung. Beispielsweise unterstützt der Ensembl-Genombrowser für Wirbeltiergenome, die Forschung in den Bereichen vergleichende Genomik, Evolution, Sequenzvariation und Transkriptionsregulation und stellt sequenzierte Genome zur Verfügung.