Der Europapokal der Pokalsieger 1968/69 war die neunte Ausspielung des europäischen Wettbewerbs der Fußball-Pokalsieger. 32 Klubmannschaften nahmen teil, darunter 28 amtierende Pokalgewinner und vier unterlegene Pokalfinalisten (Grazer AK, Altay İzmir, Girondins Bordeaux und FK Bor). Titelverteidiger AC Mailand war nicht am Start, da er als italienischer Meister für den höherdotierten Europapokal der Landesmeister 1968/69 qualifiziert war.
Aus Deutschland nahmen der DFB-Pokalsieger 1. FC Köln, aus der DDR der FDGB-Pokalsieger 1. FC Union Berlin und aus der Schweiz der Pokalsieger FC Lugano am Wettbewerb teil. Österreich wurde vom ÖFB-Cupfinalisten Grazer AK vertreten, da Pokalsieger SK Rapid Wien als gleichzeitiger Landesmeister an dessen Europapokal-Wettbewerb teilnahm.
Das Finale bestritten Slovan Bratislava und der FC Barcelona im St. Jakob-Stadion von Basel am 21. Mai 1969. Slovan Bratislava setzte sich dabei überraschend mit 3:2 durch und wurde der erste osteuropäische Europapokalsieger.
Die Teilnehmer spielten wie gehabt im reinen Pokalmodus mit Hin- und Rückspielen den Sieger aus. Gab es nach beiden Partien Torgleichstand, entschied die Anzahl der auswärts erzielten Tore (Auswärtstorregel). War auch deren Anzahl gleich, fand ein Entscheidungsspiel auf neutralem Platz statt, da ein Elfmeterschießen noch nicht vorgesehen war. Ab dem Viertelfinale wäre aus kommerziellen Gründen bei Gleichstand nach zwei Spielen – unabhängig von der Anzahl der erzielten Auswärtstore – ebenfalls ein Entscheidungsspiel nötig geworden. Das Finale wurde in einem Spiel auf neutralem Platz entschieden. Bei unentschiedenem Spielstand nach Verlängerung wäre ein Wiederholungsspiel angesetzt worden, da auch im Finale ein Elfmeterschießen noch nicht vorgesehen war.
1. Runde
Ursprüngliche Auslosung
Angesichts der Ereignisse des Prager Frühlings weigerten sich die westeuropäischen Verbände, ihre Vertreter gegen die Mannschaften der an der Niederschlagung beteiligten Ostblockstaaten antreten zu lassen. Die UEFA beugte sich schließlich dem Druck und erklärte entgegen ihren Statuten die Auslosung der ersten Runde für ungültig. Eine unter Ausschluss der Öffentlichkeit durchgeführte Neuansetzung sah ausschließlich Spiele der betreffenden Ostblockstaaten untereinander vor, woraufhin deren Verbände ihre Teilnahme am Wettbewerb aus Protest zurückzogen. Von dieser Maßnahme betroffen waren Dynamo Moskau (Sowjetunion), 1. FC Union Berlin (DDR), Górnik Zabrze (Polen), Rába ETO Győr (Ungarn) und Spartak Sofia (Bulgarien). Vom reduzierten Teilnehmerfeld profitierten in der zweiten Runde der AC Turin und der FC Barcelona, die jeweils kampflos ins Viertelfinale einzogen.
Wiederholte Auslosung mit Einteilung in Ost und West
Die Hinspiele fanden vom 18. bis 20. September, die Rückspiele am 2./3. Oktober (Reykjavík gegen Piräus am 22. und Sliema gegen Rumelange am 29. September) 1968 statt.
Die Mannschaften zogen ihre Teilnahme aus Protest zurück.
2. Runde
Freilose aufgrund des Rückzuges der Ostblock-Mannschaften: Spanien 1945FC Barcelona, ItalienAC Turin
Die Hinspiele fanden am 12./13. November (Lyn gegen Norrköping am 31. Oktober), die Rückspiele am 27. November (Norrköping gegen Lyn am 17. November) 1968 statt.
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