Am 10. Oktober 1855 wurde das Apostolische Vikariat von Annobón, Corisco und Fernando Poo Islands gegründet, zu dem auch die heutigen Gebiete Äquatorialguineas zählten.
Am 12. Mai 1904 wurde es in das Apostolische Vikariat von Fernando Poo umbenannt und bestand bis zum 3. Mai 1966, als es unter dem Namen Santa Isabel zur Diözese erhoben wurde.
Ab 14. April 1974 trug das Bistum den Namen Malabo und wurde am 15. Oktober 1982 zum Erzbistum erhoben.
Bischofskirche ist die Kathedrale Santa Isabel (erbaut 1897–1916) in Malabo.
Die während der Kolonialzeit im spanisch-gotischen Stil errichtete Kathedrale ist von Luis Segarra Llairadó entworfen worden.