Das Erzbistum Kingston wurde am 12. Januar 1819 durch PapstPius VII. aus Gebietsabtretungen des Bistums Québec als Apostolisches Vikariat Ober-Kanada errichtet. Am 17. Januar 1826 wurde das Apostolische Vikariat Ober-Kanada durch Papst Leo XII. zum Bistum erhoben und in Bistum Kingston umbenannt. Das Bistum Kingston gab am 17. Dezember 1841 Teile seines Territoriums zur Gründung des Bistums Toronto ab. Weitere Gebietsabtretungen erfolgten am 25. Juni 1847 zur Gründung des Bistums Bytown und am 25. Januar 1874 zur Gründung des Apostolischen Vikariates Nord-Kanada. Am 11. Juli 1882 gab das Bistum Kingston weitere Teile seines Territoriums an das Bistum Peterborough ab.
Das Bistum Kingston wurde am 28. Dezember 1889 durch Papst Leo XIII. zum Erzbistum erhoben. Am 21. Januar 1890 gab das Erzbistum Kingston Teile seines Territoriums zur Gründung des Bistums Alexandria in Ontario ab.