Bereits 1909 wirkte er in einem Film mit, und 1911 verlegte er sich auf die Filmregie. 1917 kehrte er nach Wien zurück und drehte sowohl dort als auch in Budapest. Besonderes Aufsehen erlangte seine Beethoven-Biografie Der Märtyrer seines Herzens.
Nach dem Ersten Weltkrieg war Justitz mehrmals auch Produzent seiner Filme. Mitte der 1920er Jahre geriet er in Vergessenheit, und erst 1931 fungierte er noch bei zwei Tonfilmproduktionen als Filmproduktionsleiter.
Seine Firma Emil Justitz Filmvertrieb war bis 1940 in den Berliner Telefonbüchern verzeichnet.
Emil Justitz machte Schallplatten für Anker (Berlin 1905), Janus, Jumbo (beide Berlin 1908) sowie Edison-Walzen (Berlin 1907); außerdem Filmbegleitplatten für Duske (Cinephon Starkton Record), die von Homokord aufgenommen wurden (Berlin 1908).