Eli Filip Heckscher wurde in eine prominente jüdische Familie geboren; seine Eltern waren Isidor Heckscher, dänischer Kaufmann, und Rosa May. Anfang der 1870er Jahre zog die Familie von Hamburg nach Stockholm, da Isidor Heckscher in der Bank seines Bruders mitarbeiten sollte. 1896 schloss Heckscher sein Abitur am Nora Latin Gymnasium ab und nahm anschließend sein Studium in Geschichte an der Universität Uppsala auf. Aufgrund seines breiten Interesses begann er zusätzlich Wirtschaftswissenschaft zu studieren. 1904 legte er seine Abschlussprüfung mit der Arbeit Till belysning av järnvägarnas betydelse för Svenges ekonomiska utveckling (Zur Bedeutung der Eisenbahn für die wirtschaftliche Entwicklung Schwedens) ab. Ab 1904 war Heckscher Hilfskraft von Gustav Cassel an der Handelshochschule Stockholm; fünf Jahre später erlangte Heckscher seinen Doktorgrad. Von 1909 bis 1929 war er Professor für Volkswirtschaftslehre und Wirtschaftsgeographie an der Handelshochschule Stockholm[1] und schrieb zudem viele Zeitungsbeiträge für allgemeine sowie fachspezifische Zeitungen.
Heckscher verfasste bedeutende Arbeiten über den Merkantilismus und andere historische Themen wie die Kontinentalsperre und die schwedische Wirtschaftsgeschichte. Im Jahr 1919 schrieb Heckscher im Essay Der Einfluss des internationalen Handels auf die Einkommensverteilung Ideen nieder, die später durch Bertil Ohlin als Heckscher-Ohlin-Theorem für die Erklärung des internationalen Handels bedeutend wurden.