Bei den Florida Panthers konnte er sich sofort durchsetzen. Durch seine robuste Spielweise sorgte er für Ordnung vor dem Tor der Panthers und bekam schnell den Spitznamen „Jovocop“. Nach dem Ende der Saison wurde er gemeinsam mit Bostons Kyle McLaren ins NHL All-Rookie Team gewählt. Auch in den kommenden Jahren konnte Jovanovski in Florida vor allem in der Defensive überzeugen. Als man in der Saison 1998/99 in Florida die Offensive stärken wollte, war das Ziel der Begierde Pawel Bure, und der Preis den man bezahlen musste, war Jovanovski. Neben den beiden waren noch einige weitere Spieler wie Dave Gagner, Bret Hedican und Kevin Weekes in das Tauschgeschäft zwischen den Panthers und den Vancouver Canucks eingebunden.
Anfangs waren es auch Jovanovskis defensive Qualitäten, mit denen er in Vancouver überzeugte, aber ab der Saison 2000/01 konnte er auch in der Offensive überzeugen. Es folgten drei Spielzeiten, in denen er knapp an die 50 Punktemarke herankam. Von 2001 bis 2003 wurde er auch für das NHL All-Star Game nominiert.
Nach dem Lockout warf ihn eine Verletzung zurück, und er konnte nur 44 Spiele für die Canucks bestreiten, so verpasste er auch die Teilnahme an den Olympischen Spielen 2006.
Im Juli 2006 unterschrieb Jovanovski einen 5-Jahresvertag bei den Phoenix Coyotes, der ihm 32,5 Millionen Dollar einbrachte. Am 1. Juli 2011 unterzeichnete er einen Kontrakt bei den Florida Panthers. Nach der Saison 2013/14 verließ er die Panthers und beendete in der Folge seine aktive Karriere.
Die Eltern von Ed Jovanovski waren aus Mazedonien nach Kanada immigriert. 2005 wurde die Dokumentation „The Late Bloomer: Ed Jovanovski“ über sein Leben gedreht.
(Legende zur Spielerstatistik: Sp oder GP = absolvierte Spiele; T oder G = erzielte Tore; V oder A = erzielte Assists; Pkt oder Pts = erzielte Scorerpunkte; SM oder PIM = erhaltene Strafminuten; +/− = Plus/Minus-Bilanz; PP = erzielte Überzahltore; SH = erzielte Unterzahltore; GW = erzielte Siegtore; 1Play-downs/Relegation; Kursiv: Statistik nicht vollständig)